T.C Sağlık Bakanlığı İstanbul Eyüp Devlet Hastanesi 1945 yılında Eyüp İlçesi Otakçılar semtinde iki katlı kiralık bir binada 5 Uzman Hekim (Dahiliye, Genel Cerrahi, KBB, Göz ve Kadın Doğum) ile işçi Sigortaları Dispanseri olarak faaliyete geçmiş; daha sonra bugünkü yeri İşçi Sigortaları Kurumu tarafından Necmi ATEŞ isimli şahıstan alınarak 1952 yılında 25 yatak kapasiteli SSK Eyüp Hastanesi adı ile hizmet vermeye başlamıştır.

    1964 yılında ilave ile 125 yatağa, 1973 yılında ek bölüm ile 209 yataklı Genel Hizmet amaçlı SSK Hastanesine dönüştürülmüştür.Daha sonra 236 kadro ve 276 fiili yatak kapasitesi ile hizmetini sürdürmüştür.

  Hastane 1967 yılında bir süre Dahiliye ve Genel Cerrahi dallarında uzmanlık vermiştir. 

1976 yılında hastane içinde bir klinik olarak faaliyete başlayan Meslek Hastalıkları ile ilgili çalışmalar sonucu anılan Meslek Hastalıkları Hastanesine dönüşerek Meslek Hastalıkları Hastanesi ve Hizmet Hastanesi olarak faaliyetlerine devam etmiştir.1987 yılında hastane bünyesinde kreş ve hemşire lojmanı ile Çocuk Servisi açılmıştır. Halen hastanemiz bünyesinde 25 çocuk kapasiteli (0-6 yaş grubu) Kreş ve 10 yatak kapasiteli Hemşire Lojmanı hizmet vermektedir.

  28/07/1989 yılında 3 (üç) katlı prefabrik alçıpan sistemi ile hastane bahçesinde poliklinik binası yaptırılarak hizmete açılmıştır.

  1997 yılında Gaziosmanpaşa Semtinde SSK Gaziosmanpaşa Polikliniği hastaneye bağlı olarak faaliyetine başlamıştır.

  Hastane 04/06/2002 tarihinde TSE-EN ISO 9001:1994 belgesi alarak Kalite Güvence Sistemini hayata geçirmiş, 09/01/2004 tarihinde ISO 9001:2000 Kalite Yönetim Sistemine geçiş yapılmıştır.26-27/12/2006 tarihinde; yapılan denetimde belgenin yenilenmesi TSE Kalite Müdürlüğü tarafından uygun görülmüştür.

  06/10/2002 yılında hastane Poliklinik binası depreme dayanıklı, tıbbi ve teknik imkanlarla genişletilerek (asansör ve yangın merdiveni ilaveleri ile) betonarme bir yapıya dönüştürülüp hizmete açılmıştır.

 Hastane Bazı Kamu Kurum ve Kuruluşlarına Ait Sağlık Birimlerinin Sağlık Bakanlığına Devredilmesine dair 06/01/2004 tarihli 5283 Sayılı Kanun 19/01/2005 tarih ve 25705 mükerrer sayılı Resmi Gazetede yayımlanarak yürürlüğe girmesi üzerine bu tarihten itibaren T.C Sağlık Bakanlığı İstanbul Eyüp Devlet Hastanesi adı ile hizmetini sürdürmektedir.

 20/04/2005 tarihinde Sağlık Bakanlığı Haseki İslambey Semt Polikliniği hastaneye bağlanmıştır.

 Acil Servis hizmetleri ana binamızın acil ünitesinde, poliklinik hizmetleri ise hastane bünyesindeki Poliklinik binası ile Gaziosmanpaşa ve Eyüp İslambey Semt Polikliniklerinde hizmet verilmektedir.

 1999 deprem sonrası bir bölümünün kullanım dışı kalması nedeni ile 148 yatak kapasitesi ve yaklaşık Karadeniz kıyısından itibaren Eyüp ve Gaziosmanpaşa ilçeleri ile beraber yaklaşık 1.500.000 nüfusa sağlık hizmeti sunmaktadır.

 Eski bina 17/08/1999 depreminde gördüğü hasar nedeni ile yıkılarak yerine 5 (beş) katlı ve takriben 2500 m2 kullanım alanlı yeni birim yapılmaktadır. Bu bölümün bitimi ile hastane 300 yatak kapasiteli ve çağın ileri tıbbi teknolojisi ile donanımlı AB standartlarında hizmetini devam ettirecektir.